異世界からの侵略者の襲撃を防いだ夏音と千秋。同時に行方不明になっていた春乃と冬華も帰還する。異世界からの侵略が本格化していく中、複数の敵を相手に４人のヒロインは協力しつつ立ち向かっていく。しかしその最中、謎のエクスティアが現れ、春乃達と激戦を繰り広げる。なんとか勝利した春乃達の前には、記憶を失った少女、シグレの姿があった。

平和な川堂東市に『ギルツシード』がばら撒かれてしまう。『ギルツシード』は人々の欲望を暴走させ、怪人化させる危険なモノである。放っておけば間違いなく発生するであろう事件に対処すべく、『井高野一花』は『相川春乃』にギルツシード回収を依頼する。エクスデバイスを受け取った『相川春乃』は『エクスティア・イグニス』へと変身し、ギルツシード回収に協力するのであった。

時を同じくして、夜の闇にもう一人のエクスティアの姿が浮かび上がる。『相川春乃』と同じ学園に通う『菅原冬華』が『エクスティア・ルーナ』に変身した姿。彼女もギルツシードを狙い、怪人と戦っている。普段は口数少なくあまり目立たない存在である『菅原冬華』が、『エクスティア・ルーナ』に変身して戦う理由とは一体……。

『大隅夏音』と『柴島千秋』は幼馴染である。千秋は研究者の一花と協力し、人知れずエクスティアシステムのテストとギルツシード残党との戦いをしていた。その最中、現れたキレリ率いる怪人との戦闘でデバイスが損傷してしまう千秋。絶体絶命のピンチの時に、その場にいた夏音がデバイスを起動させ、変身を遂げてしまう。戦えなくなった千秋に変わり、夏音は戸惑いつつも天性の才を発揮し、キレリ率いる怪人達と戦っていくことになるのであった。

大隅夏音の活躍によりキレリを撃退するも、その姉ワウリが侵略を引き継ぐ。デバイスが損傷し戦えなくなった夏音に代わり、復帰した千秋が怪人達と戦っていく。戦えない自身をもどかしく思いながら、夏音は千秋をサポートする。しかし千秋としては戦えない夏音がそばにいることで心中穏やかではない。 果たして千秋はワウリの侵略から皆を守ることができるのであろうか。