X.E.S.T.と呼ばれる国連直轄の特殊戦闘部隊が保有する決戦強化兵装=聖戦姫の適合者として選ばれた少女イリス。
イリスは手にした力を運命と感じ、聖戦姫の一人としてX.E.S.T.に所属し平和を脅かす悪の存在と戦い続けていた。
そんなある日、空を割って地球へ落ちてきた隕石の中から大量の怪物ザオモーヴが現れ人々に襲い掛かる。
イリスとアストラエ、そしてX.E.S.T.の隊長であるメティスたち三人の聖戦姫は力を合わせザオモーヴたちを倒すが、
この襲撃はきっかけにすぎなかった。
やがてザオモーヴたちを操る黒幕であるレクソーズが現れ、
この世界を支配しようと侵略を宣言する。
新たな侵略者を倒すためレクソーズに立ち向かうイリスであったが、
力及ばず敗北し身も心も汚されてしまう。
敗北にショックを受けるイリスだが、
聖戦姫としての使命を果たすためレクソーズを倒そうと立ち向かっていく。
だがレクソーズの真の目的が侵略ではなく、イリスを自分の妃として手に入れることだった。
悪意と欲望にまみれた邪悪な策略に翻弄され始めるイリスの運命。
果たしてイリスはレクソーズを無事撃退し、この世界の平和を守ることができるのだろうか?